醫務局長在日理萬機中頻頻發表作品
身為軍醫的鷗外，走過了一條通往權力頂峰的官途。甲午戰爭、日俄戰爭中，他作為軍醫部長隨軍，1899年到1902年被任命為第十二師團軍醫部長，到北九洲小倉赴任。但鷗外將小倉赴任令視為左遷，心懷不滿。他認為高層並不看好用軍醫和文學家兩條腿走路的自己，於是在小倉任職期間主動減少了文壇活動。同時又跟當地法國神父學會了法語，還結交禪僧，學習禪學和唯識思想。算是積累知識，修身養性，學習處世之道的一段時光。
1902年，40歲的鷗外成為第一師團軍醫部長，調回東京。接著在1907年，45歲那年，登上了陸軍軍醫的權力頂峰，就任陸軍軍醫總監、陸軍省醫務局長。終於再不用顧及上司眼光的鷗外，在百忙之中頻頻發表作品。因描寫了主角對性經驗的回憶和對性的自省而受到當局禁售處分的《Vita Sexualis》（1909年）。批判政府在「大逆事件」後收緊了對學問和文學的言論管制的《沉默之塔》（1910年）。這個時期，鷗外創作的很多現代小說都加入了對當時社會文明的尖銳批評。
1912年明治天皇駕崩，日本進入大正時代。在這期間，著名軍人乃木希典追隨明治天皇而自殺，震驚日本社會。鷗外也對這一事件感到意外，從而以江戶初期實際存在的殉死武士為原型，創作了《興津彌五右衛門之遺書》（1912年）。此後，鷗外開始基於歷史資料創作歷史小說，留下了《最後的一句》（1915年）、《高瀨舟》（1916年）等如今入選國語教科書的文章。
身穿軍服的森鷗外（右）和愛馬。拍攝於1912年（文京區裡森鷗外紀念館）1916年，鷗外54歲從陸軍退役。從退役前後開始，他探索歷史的想法就愈發強烈，於是開始調查生活在江戶後期的考證學者的生涯和功績，寫起了評傳。《澀江抽齋》（1916年）、《北條霞亭》（1917-1920年）等評傳，是將實證性歷史研究和文學相結合，打破了以往小說既有觀念的新型作品。抽齋和霞亭是學者，是醫生，是吃公家飯的官吏，同時也涉足文學和藝術。換言之，鷗外寫的就是自己這條人生路線上先輩們的故事。
1917年，鷗外55歲成為宮內省官僚，兼任帝室博物館總長和圖書頭。身為宮內省高官的鷗外，為準備即將到來的新天皇的登基，對歷史研究傾注了心血。鷗外的信念是新的元號和諡號都必須經過嚴格的學術調查得出資料，並在這些資料的基礎上制定。調查闡釋了歷代天皇諡號出處的《帝諡考》（1921年）完成後，他便著手編寫考證元號出處的《元號考》，可惜因健康狀況惡化而擱淺。1922年7月9日，鷗外因腎萎縮和結核去世，享年60歲。
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