撲滅黑死病，防治瘧疾有成

1892年，後藤新平就任內務府衛生局長，在他的知遇之恩下，堀內於1896年再次渡海來臺，擔任臺北病院的醫師，此後從事臺灣總督府的醫學相關業務。曾說服堀內前往臺灣的後藤，自己也在1898年3月以民政局長的身份渡臺赴任，以撲滅橫行臺灣的各種傳染疾病為目標，推動相關醫療行政工作。

堀內渡海來臺時，正好是黑死病從臺南安平港開始大舉擴散的時期，他立即著手進行黑死病菌的檢測工作，當時派遣至臺灣的醫師當中，能夠操作顯微鏡並持有細菌學研究專長的醫師，僅有堀內一人，因此身負眾人的期待。

但臺灣人拒絕堀內等醫師團的檢疫工作，非但不合作，更加以抵抗。因為當時的臺灣人厭惡醫師進行消毒、解剖、火葬等等作法，咸信那是對死者的褻瀆。在如此狀況下，導致患者激增。從1896年起的20年間，黑死病患者超過3萬人，死亡人數逼近2萬5千名，事態嚴重到患者死亡率超過8成，令人無法置信。因此，堀內與日本內地招聘而來的東京帝大教授緒方正規及助理教授山極勝三郎，一同戮力研究黑死病的傳染過程。

另一方面，總督府將黑死病傳染媒介的鼠患防治，視為當務之急，自1908年開始著手進行撲滅工作，驅除為數眾多的老鼠。到了1917年，堀內等人組成的醫師團的研究成果與鼠疫防治相輔相成，終於成功撲滅了黑死病。臺灣當地的住民長年處於對黑死病的恐懼之中，當時在歡欣鼓舞之餘，舉辦了「撲滅黑死病慶祝大會」。

雖然是題外話，但除了黑死病之外，肆虐臺灣的還有瘧疾。1915年，堀內擔任醫學校校長，當時臺灣人口約為330萬人，感染瘧疾致死的人數就高達1萬3千名。如黑死病的防治一般，將瘧疾趕出臺灣的是木下嘉七郎、羽鳥重郎、小泉舟、森下薫等日本醫師。

木下嘉七郎是首位在臺灣發現瘧疾斑蚊的醫師；而羽鳥重郎則發現了新種的「臺灣瘧疾斑蚊」；小泉舟在瘧疾斑蚊的種類和生態研究上留下功績；森下薰解開了瘧疾斑蚊和脾臟腫大之間的關係。這些研究者的成績獲得評價，因此，1929年4月中央研究所設立了「瘧疾治療實驗所」。在該所的小田定文、菅原初男、並河汪、石岡兵等人的努力之下，撲滅了瘧疾等熱帶傳染病疾病，讓臺灣蛻變為乾淨清潔的宜居之島。