受法人化的影响，研究经费減少
以日本的国立大学法人化为契机，文部科学省对国立大学的拨款“运营补助费”每年递减1%。这就直接牵涉到了研究经费的减少，并且因裁减事务人员而给教师造成了事务性工作负担的增加，另外有人指出，它还影响了科研论文的“产量”。
东京大学、京都大学等研究经费丰厚的顶尖大学只有极小一部分，其他大多数国立大学都不得不把很大的精力用在如何获得来自企业等外界的经费上。在这种情况下，为满足产业界注重实用的要求，大学方面的研究往往会集中在容易出成果的项目上。
在世界大学排名榜上名次后退
英国的高等教育杂志《泰晤士高等教育》（THE)10月公布了2015年世界大学排名榜，位居日本大学之首的东京大学排名下降，从上一年的亚洲大学第一名跌落到第三名，屈居新加坡国立大学和北京大学之后。
《泰晤士高等教育》的排名榜，是根据论文引用数量、外籍教师人数等13个指标评定的。文部科学省认为，2015年的评价标准比较重视英语论文，因而不利于日本的大学，造成了排名的后退。
世界大学排行榜（《泰晤士高等教育》版）
| 2014年 | 2015年 | ||
|---|---|---|---|
| 1 | 加州理工学院（美） | 1 | 加州理工学院（美） |
| 2 | 哈佛大学(美) | 2 | 牛津大学(英) |
| 3 | 牛津大学(英) | 3 | 斯坦福大学(美) |
| 4 | 斯坦福大学(美) | 4 | 剑桥大学(英) |
| 5 | 剑桥大学(英) | 5 | 麻省理工学院(美) |
| 6 | 麻省理工学院(美) | 6 | 哈佛大学(美) |
| 7 | 普林斯顿大学(美) | 7 | 普林斯顿大学(美) |
| 8 | 加州大学伯克利分校（美） | 8 | 帝国理工学院 伦敦(英) |
| 9 | 帝国理工学院 伦敦（英） | 9 | 苏黎世联邦理工学院（瑞士） |
| 10 | 耶鲁大学(美) | 10 | 芝加哥大学（美） |
进入前100名的亚洲大学
| 2014年 | 2015年 | ||
|---|---|---|---|
| 23 | 东京大学 | 26 | 新加坡国立大学(新加坡) |
| 25 | 新加坡国立大学(新加坡) | 42 | 北京大学（中国） |
| 43 | 香港大学（香港） | 43 | 东京大学 |
| 48 | 北京大学（中国） | 44 | 香港大学（香港） |
| 49 | 清华大学（中国） | 47 | 清华大学（中国） |
| 50 | 首尔大学（韩国） | 55 | 南洋理工大学(新加坡) |
| 51 | 香港科技大学（香港） | 59 | 香港科技大学（香港） |
| 52 | 韩国科学技术院(韩国） | 85 | 首尔大学(韩国） |
| 59 | 京都大学 | 88 | 京都大学 |
| 61 | 南洋理工大学(新加坡) | ||
| 66 | 浦项工科大学(韩国） | ||
撰文：编辑部 村上直久
标题图片：安倍晋三首相与前来拜访的两位2015年度诺贝尔奖得主梶田隆章、大村智交谈。2015年10月29日于东京首相官邸（图片提供：时事通讯社）
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