眾多發現重新定義繩文文化
人們很早便已知曉這片土地上存有遺跡。江戶時代初期的《永祿日記（館野越本）》中記載：「在三內村，出土了大大小小的陶器和土偶。」然而，這裡從未引起重視，20世紀末，還被納入青森縣綜合運動公園擴建項目。
在挖掘調查中被發現的遺構和出土文物顛覆了人們此前對繩文的認識。原來，繩文人不只是過著被氣候、狩獵等自然環境因素左右的生活。人們在遺跡中發現了他們栽種栗子、釀造果酒的痕跡，還有鯛魚、鰤魚、鯖魚等的魚骨。由此可見，繩文人充分利用大自然的饋贈，已經過上了定居的生活。
在三丸博物館內，真人大小的人偶等重現了繩文時代的生活
「北谷」曾是繩文人的垃圾場。這是一處含水量豐富的低濕地，因此物品不易被氧化，至今仍殘留著漆器等木製品，樹木的果實，動物、魚等的骨頭等等
經年累月堆積起來的生活廢棄物。先後挖出的陶器和石器等是按年代順序分佈的豎穴式住宅遺跡約650棟，其中有長32公尺、寬9.8公尺的大型豎穴式建築。對此，有觀點認為，同一時期一起居住於此的最多有近500人。村落的主幹道寬達12公尺，長逾420公尺。研究人員認為這條主幹道一直延伸至海邊。路兩側的墓地中，還出土了箭簇、垂飾等陪葬品。
出土文物中包括產自北海道、佐渡的黑曜石，新潟縣糸魚川的翡翠，岩手縣久慈的琥珀，等等。由此可見，當時這裡的人交易對象的範圍很廣。
復原後的豎穴式建築。室內中央設有火爐
在村落中央附近發現的大型豎穴式建築物遺跡。據推測，這是一處集會或共同作業的場所
遊客可以一窺立柱建築（復原品）的內部
從解說展板可以看出，這裡出土的文物原產地分佈極廣調查最大的發現是6個直徑2公尺、深2公尺的柱坑。柱坑以4.2公尺的間隔整齊排列，每排3個，共2排。這表明當時的人們已掌握了測量技術。
柱坑中還殘留著栗樹木柱的一部分，直徑約1公尺。這些木柱的四周和底部做了燒焦的防腐處理，因此得以殘存至今。關於這座大型立柱建築原本是什麼，眾說紛紜，有人認為「是一處高達20公尺的祭祀場所」。可以肯定的是，當時的人們已具備高水準的建築技術。
大型立柱建築遺跡被保存於一座半圓形屋頂的建築內。此處地下水充沛，這也是栗樹木柱得以留存至今的一個原因
復原後的大型立柱建築和保存著柱坑的半圓形屋頂建築1994年7月，各媒體紛紛報導大型立柱建築遺跡被發現一事，瞬間激起了日本全國民眾對繩文文化的關注。僅僅過了1個月，時任青森縣知事北村正哉便當機立斷，決定中止棒球場建設項目，對遺跡進行保護並加以有效利用。
2000年，三內丸山遺跡成為日本國家特別歷史遺跡。3年後，這裡出土的約2000件文物成為重要文化財產。這為該遺跡最終入選世界文化遺產名錄提供了巨大助力。
在三丸博物館的「繩文人的內心」主題展區，陳列著許多重要文化財產
這是三內丸山遺跡的出土文物中，尤為知名的大型板狀土偶（重要文化財產）
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