還牽頭創建研究所、醫學部、藥物廠商

北里的另一個豐功偉績是在發現鼠疫桿菌的2年前，即1892年，在福沢諭吉(1835—1901)、醫療官僚長與專齋（1836—1902）、實業家森村市左衛門(1839—1919)等人的幫助下，創立了日本第一個傳染病研究所。該大日本私立衛生會附屬傳染病研究所不久成為國立傳染病研究所（內務省管轄），後來與巴斯德研究院、洛克菲勒醫學研究所（美國）並稱為世界三大傳染病研究所，獲得極高評價。

不過，1914年原本在內務省醫務局管轄下的傳染病研究所不顧北里的意願，忽然被轉移到文部省（現在的文部科學省）的管轄之下，成為東京帝國大學（現在的東京大學）的下級機構。此舉惹得北里震怒，他帶領全體所員一起辭職，辭去了傳染病研究所所長的職務，並自掏腰包成立了私立北里研究所與之分庭抗禮。之後，傳染病研究所與北里研究所之間的學術交鋒不斷上演，大大促進了日本醫學研究的發展。可以說，這兩所研究所的存在對於日本醫學界而言，其影響也不都是負面的，從正面展開學術交鋒這點來看，它們對日本該學科的發展也是頗有貢獻的。

北里除了私立北里研究所，還在1916年創立了日本醫師會，1920年創立了私立大學中的第一個醫學部——慶應大學醫學部，1921年創立了生產溫度計等醫療器械的泰爾茂株式會社，1923年創建了日本結核病學會等，無論是創業還是創立行業組織，他都淋漓盡致地發揮出了自己的領導能力。