想要獨尊神道，打造天皇政權宗教基礎的明治政府，開始把佛教勢力視為治理國家的好幫手。還允許僧侶吃肉婚娶，促使佛教走向世俗化。這樣一來，喪失神聖性的日本佛教就離釋迦牟尼宣說的原教旨佛教越來越遠了。

削減佛教的權益

江戶時代的日本佛教一直以積極配合武士政權的方式維持了平穩發展，但19世紀後半葉，在國家權力從武士階層向天皇（貴族）轉移的過渡期，佛教界的地位忽然變得岌岌可危。初掌權柄的新政府以天皇為中心，不僅用近代化方式對日本古老宗教神道進行改造，還試圖將其宗教理念塑造成中央集權國家的支柱。這是參考了歐洲各國在基督教世界的基礎上構築了近代帝國主義的做法。可如此一來，直到江戶時代都與神道保持和諧關係、並在某種程度上被視為高於神道的佛教就成了絆腳石。明治政府需要制定政策，將佛教排擠出權力機構，獨留神道一家。

於是，明治政府頒佈了政令（神佛分離令），從法律層面對過去以神佛不分家的形式融入江戶幕府政權機構中的佛教和神道進行了拆分，試圖削弱佛教曾經擁有的權益。神佛分離令的目的絕不是激進地「讓國民棄信佛教」，而只是想削弱佛教與國家權力之間的聯繫。然而，整個江戶時代都站在統治者一方作威作福的佛教界早就招致百姓的不滿。法令頒佈後，立即觸發了一場民眾主導的佛教排斥運動，席捲全國。史稱「廢佛毀釋」。眾多寺院遭到破壞，僧侶被驅逐，有些地方甚至出現了成百上千的佛教寺院全遭廢棄的情況。