利用江戶參府收集情報

荷蘭商館長前往江戶城給將軍進獻禮物宣示忠誠的「江戶參府」之行，對西博德來說是了解江戶的千載難逢的好機會。因為當時的幕府是禁止外國人在日本國內自由旅行的。1826年，西博德加入到荷蘭商館長帶領的「江戶參府」隊伍中，一行中除了日本翻譯，還有作為西博德的傭人一同前往的塾生湊長安、高野長英、二宮敬作等。此外，畫師川原慶賀也在同行之列，專事記錄旅途中的風景及風俗。

在江戶（現東京），他們經常投宿於日本橋本石町的長崎屋。在那裏，西博德見到了形形色色的人，其中與熟悉日本國情的最上德內的相遇意義非同小可。因為最上是北方探險家間宮林藏的上司。為確認庫頁島是不是島嶼，西博德問最上：「可否將你繪製的蝦夷（北海道）、樺太（庫頁島）的地圖轉讓與我？」最上知曉將日本地圖給外國人是國家明令禁止的行為，於是低聲回覆：「給你是絕對不可能的，借給你看看吧。但切記此事絕不可說出去。」

當時到這家旅館來求見西博德的人絡繹不絕。如幕府的文書管理調查官員高橋作左衛門景保就曾多次前往長崎屋，目的是要通過西博德手中的克魯真斯坦（Adam Johann von Krusenstern）《世界一周記》，確認伊能忠敬等繪製的日本地圖北部海岸中尚不清楚的地方。高橋說：「如果你給我《世界一周記》，那我可以送你日本地圖的複製版。」那個地圖，是包括北方庫頁島、千島的日本沿海地區測量圖。