總本山延曆寺,以及東照宮、輪王寺所在的日光山,都在寬永寺的管轄之下
寬永寺的正式名稱為「東叡山寬永寺」,這足以說明當時它是江戶首屈一指的名刹。「東叡山」意為「東邊的比叡山(位於今滋賀縣)」,「寬永」是建寺之時的年號。在現代社會,像明治生命、大正製藥、昭和電工等名稱冠以年號的企業或設施隨處可見,但在過去,冠以年號必須得到朝廷的許可。自788年(延曆七年)建造的延曆寺始,京都的仁和寺、鐮倉的建仁寺和建長寺等,能獲得朝廷敕許的「年號寺」寥寥無幾。
從第三任開始,寬永寺歷任貫主均由皇族出身的法親王擔任,獲授「輪王寺宮」稱號。輪王寺宮同時擔任日光山貫主(日光山東照宮供奉著德川家康)及天臺宗座主(統管總本山延曆寺)。在整個江戶時代,寬永寺在宗教界勢力非常強大。
之所以選擇在上野建造寬永寺,是因為上野地處江戶城的東北方向,即鬼門。這也是效仿延曆寺衛護京都(平安京)鬼門的做法。而開始計畫建寺的時候,正趕上為建造津幡、藤堂等三位大名的別墅平整了上野的山地,時機正好。
寬永寺原本是德川將軍家的祈願寺,後來成為與增上寺(位於今東京港區芝公園)齊名的德川家菩提寺。尊崇天海的德川家光留下遺言,要在寬永寺舉行葬禮,然後在日光東照宮旁建造自己的靈廟。此後,第4代將軍德川家綱直接安葬在寬永寺,第5代將軍德川綱吉、第8代將軍德川吉宗、第10代將軍德川家治、第11代將軍德川家齊、第13代將軍德川家定相繼在寬永寺修建了豪華的靈廟。



