55歲時因病逝世，遺骨葬於臺灣

明石成為未來總理大臣的呼聲很高，但在1919（大正8）年，他因公搭船從臺灣前往日本本土的航行途中，在海上染病。當時留下遺言：「若自己身體有什麼萬一，務必葬在臺灣」，之後於故鄉福岡逝世，享年55歲。遺骨特地移至臺灣，埋葬於臺北「三板橋」的日本人公共墓地。

不過，多年後中國爆發國共內戰，蔣介石率領國民黨軍隊與家屬共200多萬人敗逃臺灣之際，來臺的國民黨士兵居住在日本人公墓附近，明石的墓地也遭到破壞。而解救受損墓地的是1994年就任的臺北市長陳水扁。陳水扁給付遷移費用給居民，在當地推動森林公園計畫。明石的墳墓時隔80年後進行挖掘，其後許多臺灣人理解明石家屬的心情，「希望讓熱愛臺灣的祖父長眠臺灣」，在諸多臺灣人的熱情與協助之下，1999（平成11）年在面朝臺灣海峽的三芝鄉「福音山基督教墓園」，重新建造了明石的墓地。距明石逝世已過了80年。

位於臺北郊外，新北市三芝區的明石元二郎之墳，地點稍微難找（片倉佳史攝影）
位於臺北郊外，新北市三芝區的明石元二郎之墳，地點稍微難找（片倉佳史攝影）

標題圖片：臺北康樂公園內的「鳥居」（片倉佳史攝影）