吞噬了佛教和基督教的國家神道

廢佛毀釋給日本佛教界造成了重大災害，卻也開始倒逼佛教界做出自我改革。在失去了掌權者巨大羽翼的庇護，幾乎民心盡失的局面下，自己的教團該如何維繫，該如何走下去？各宗派開始了認真地探索。

明治政府最初只打算獨尊神道，作為天皇政權的宗教基礎。然而，由寺院對出生、死亡、結婚、旅行、遷居等個人資訊進行集中管理的「檀家制度」根深蒂固，難以動搖，於是政府最終重新肯定了佛教的統治能力，開始視其為治理國家的好幫手。神道「不是簡單的一個宗教，而是日本這個國家存在的根據」，換言之，明治政府賦予神道「國家神道」的超然地位。而佛教則被定位為「獲得國家承認，為國家效力的御用宗教」，獲許繼續存在。

這一方針對剛經歷廢佛毀釋陷入絕境的佛教界簡直就是久旱逢甘霖。淨土真宗本願寺派（西本願寺派）率先響應，隨後日本佛教界紛紛主動與明治政府握手修好。他們創造出了新的佛教思想，將以天皇為中心的國家神道與佛教教義糅合，宣說推廣天皇即佛陀的思想，開始專心開展活動，為明治政府背書。

這種明治政府和佛教界和諧共處的背後，是對以基督教為精神支柱、企圖稱霸全球的西歐諸國的恐懼和抗衡意識。明治政府和佛教界都將基督教視為西方帝國主義的先遣部隊，兩者必須攜手防範基督教滲透，在這點上達成了共識。這個防範基督教的政策在後來西歐諸國的施壓下逐漸瓦解，最終日本也對基督教敞開了懷抱。然而諷刺的是，就連幾經波折終於在日本扎下根的基督教教團也逐漸變成了以天皇為中心的國家神道的附庸。明治政府人為推行國家神道，對國民進行的精神統治，逐步吞噬了日本的所有宗教組織，佛教和基督教無一倖免。