1994年的選舉制度改革促成了「自公聯合政府」

但是，自民黨和公明黨意外地很快就達成了和解。其原因是，新進黨因為圍繞黨代表小澤一郎的政黨運營問題陷入了混亂，於1997年12月分裂了。1998年11月，從新進黨分裂出來的公明黨勢力與業已分裂的「公明」和「新黨和平」等小黨合併，再次結成了「公明黨」。

1999年10月，公明黨加入與自民黨及小澤一郎統領的自由黨的聯合。在小淵惠三第二次改造內閣時期，形成了所謂的「自自公聯合內閣」。公明黨回歸了保守路線。在那之後，歷經執政黨和在野黨時代，「自公合作」走過了15年。

前排左起分別為正在交換「自自公」三黨合作協議書的自由黨黨首小澤一郎、首相小淵惠三、公明黨代表神崎武法。後排左起分別為自由黨幹事長（秘書長）藤井裕久、自民黨幹事長森喜朗、公明黨代理代表濱四津敏子和公明黨幹事長冬柴鐵三。1999年10月4日攝於東京首相官邸（時事通信社）

而「自公聯合內閣」，則是在第二次小泉內閣時代（2003年11月19日至2004年9月27日）的2003年11月實現的。因為在那之前，原先一起執政的保守新黨解散了，形成了名副其實的「自公聯合政府」。

這一系列的連橫合縱，是因為受到了細川護熙內閣時代的1994年引進小選區和比例代表並列制的巨大影響。該選舉制度的改革是意圖推動兩大政黨制的實現。而這對於擁有創價學會這一強力團體選票的公明黨來說，即使在全國選區很多候選人當選，但如果在選舉區不和自民黨等有實力的大政黨合作，那也很難維持一定的勢力。

與自民黨進行合作的背景還包括：20世紀70年代圍繞日中邦交正常化，公明黨就曾與自民黨舊田中派有過合作；公明黨在地方上與日本共產黨等革新勢力經常形成爭奪選票的狀況，而相反地，公明黨和自民黨容易在各自強勢的地方上和大城市分割競選地盤等等。