靠全國約8萬間神社的上納金（泛指地方繳納給中央之款項）維持運作

然而，日本的神道則有一個架構相當明確的的組織，名為「神社本廳」。其總部設於東京都澀谷區，根據令和6年由文化廳編纂出版的《宗教年鑑》內容提到，隸屬於神社本廳的神社多達7萬8669間、而神主（神道祭司）則有2萬1071人。神社本廳將神主分為以下五個等級並管理之：「淨階」、「明階」、「正階」、「權正階」、「直階」。其營運經費來自這些宮司（神社最高負責神職人員）所屬神社所繳的上納金（近年的年度經營預算約為50億日圓）。

另外，神社本廳也制定如《神社祭祀規程》及《神社財務規程》等神社界內部章程，要求所屬神社遵守規定。換句話說，神社本廳針對各神社經營方式，訂下了「這樣可以、那樣可以、那個不行」等規定（違反規定亦有罰則）。在神社界內部，也有不少神主提出質疑並直言不諱地要求廢止，認為「神社本廳這種組織真的有存在的必要嗎」。

明治維新下刻意打造、帶有政治意圖的產物

為何自然宗教的神道會衍生出教團組織呢？主要原因是近代的神道與日本政治發展有著密切關係。

在日本悠久的歷史中，影響日本人精神層面最大的其實是佛教。六世紀中葉，佛教傳入日本，當時的日本人對於這個擁有明確教祖（釋迦牟尼佛）和完整經典教義的「發展成熟的宗教」深感敬佩，甚至天皇也信奉，隨後掌權者在奈良和京都等地，開始興建規模宏大的寺院。

據說，作為神道宗教場地的神社以及神主們在神社內舉辦的各種儀典，多少受到佛教寺院和法會形式的影響而漸漸形成現在的樣貌。

到了平安時代，「本地垂跡說」逐漸流行，意指「佛教與神道本為一體」的觀念開始廣傳於世，寺院和神社也出現許多整合經營的模式。進入江戶時代，寺院和神社已無明顯差別，能夠明確區分兩者的一般民眾其實並不多，此即「神佛習合（神佛融合）」的現象。

當時，日本多數神社實際上被納入寺院體系，神道的地位多低於佛教。

然而，推翻江戶幕府的明治維新運動，目標是推翻武士政權，建立以天皇為國家最高領袖的政治體制。天皇之祖先是天照大御神，即太陽神，而天照大御神在神道眾神中具有重要且崇高的地位。

為了建立一個「以天皇為元首的國家」，明治新政府的維新志士認為有必要復興神道。於是建立了「國家神道」制度，將神道定為實質上的國家宗教。

不過，當時現況是神社與寺院已長期融合，難區分彼此。因此，政府強制推行《神佛判然令》（要求明確區隔神道和佛教）與「廢佛毀釋」等鎮壓佛教的政策，結果導致日本現今的「神社」形態變得相當刻意且帶有政治色彩。明治時期以後的大日本帝國體制下，神社被視為某種國家機構，神主也享有官吏般的待遇。