創建阿里巴巴

在建設EDI站點的這一段時間，馬雲極大地擴大了他的人脈，也更進一步地加深了對電子商務的了解。經過一年的努力，站點取得巨大成功，被國家定為推薦優秀站點。同時實現了數百萬的利潤，當時的經貿部部長石廣生譽之為「永不落幕的交易會」。

可是，馬雲卻感到失落。因為EDI只是一個用光纖連接各地的內網，馬雲無數次提議將其放到網際網路上，始終沒有如願。他感覺在政府體制內做事太受掣肘，決心回杭州重建自己心中的網站。

一天，他集合了當初帶來的團隊，讓大家選擇：一是留京，他負責介紹進雅虎等公司拿高薪，二是跟他回家，每月800元工資，到他家上班。說完，馬雲解散了眾人，讓他們回家考慮三天。誰料，已經離去的眾人不到五分鐘就一個個先後回來了，表示要追隨馬雲回杭州。18個人，一個不少。馬雲感動得流下了熱淚。

1999年2月21日，在杭州的馬雲家，18個人正在聽著馬雲的慷慨陳詞：「我們要做一件偉大的事情，我們的B2B將為網際網路服務模式帶來一場革命。」阿里巴巴就這樣成立了。大家湊了50萬本金，辦公地點就在馬雲家。

1999年3月阿里巴巴網站在杭州正式推出。馬雲設定了三個目標：第一，公司要存活80年。第二，面向中國中小企業。第三，要成為全球最大的電子商務公司，網站要進入全球排名前十位。

這在當時看來似乎是大話，可馬雲卻是當真的。

走向坦途

為了全球通用，馬雲冥思苦想出「阿里巴巴」這個公司名，誰知，註冊域名時發現「alibaba」早被一個加拿大人註冊了。馬雲當機立斷用1萬美元高價向他收購了這個域名。這是50萬本金的第一筆開銷。

那時，辦網站其實就是燒錢。網站獲得創投資金，加大宣傳，再拉來更多的創投。新浪、搜狐、網易這些國內大網站的廣告鋪天蓋地。

馬雲卻決定閉門造車，6個月內不主動對外宣傳，專注於做好網站。當時，中國即將加入WTO，眾多中小企業迫切需要開拓外貿通道。阿里巴巴盯住了這塊蛋糕，開發出便於操作的BBS交易平臺。最終在幾年後勝出，完全占據了這個市場。

立志做世界級網站的阿里巴巴也引起了美國《商業周刊》的好奇。美國記者專訪了阿里巴巴，也就是馬雲的家，看見20餘名員工擠在不大的住宅裏緊張地忙碌著。他又震驚又感嘆。

《商業周刊》的報道把阿里巴巴的名聲傳向了世界，不僅來自海外的網站訪問者和會員呈幾何增加，創投資金也紛紛前來探水。這時幾乎已彈盡糧絕的馬雲，一次又一次地拒絕了數百萬美元的投資。他說，之所以要辦一個80年的公司，就是準備用一生去做一件事。如果員工耐不住寂寞，投資商急於上市「圈錢（集資）」，就讓他們離開好了。我的目標是長遠的，創投也要有長期不贏利的覺悟。

在拒絕了38家創投後，1​​999年10月他接受了高盛（Goldman Sachs）的500萬美元長期投資。

從此，阿里巴巴業績飛速發展，走上了坦途。

2000年又獲日本軟銀的2,000萬美元投資。這筆寶貴的資金幫助馬雲熬過了隨後到來的網際網路嚴冬。