岩石性質和地下水湧水導致挖掘作業無法按設計圖推進
從峯吉親手繪製的立面（即建築的正面外觀）草圖來看，那是一棟寬約21.8公尺的3樓建築。不知是妙手偶得還是有意為之，建築的寬高比接近黃金比例。但從實際在岩壁上挖鑿出的立面來看，卻是寬約20公尺的2樓建築，3樓還是基本未動工的狀態，只留下了從外往裡挖鑿部分窗戶的痕跡。
從原始草圖看，立面是左右對稱的3樓結構，遵循西式建築的基本原則。根據這樣的立面結構，可以想像峯吉應該把建築內部也設計成了以中央大廳為中心的左右對稱的空間。既然中央大廳的左側設置了科學實驗室，那麼在右側設計了對應的空間也就不足為奇了。
峯吉親手繪製的原始草圖（立面）
但經實測發現，內部空間並非接近左右對稱的結構。其原因是在挖鑿的過程中碰到了軟硬不均的凝灰岩，而靠人力操使鑿子和鶴嘴鎬很難按原計劃推進。而且還出現了地下水湧出等情況，最終就只能挖成了現在看到的這般不規整的結構了。
挖掘作業所用的工具要說岩窟飯店高壯館的特點，那肯定就是在岩壁上挖鑿而成這一點。整個建築全都是挖鑿、雕刻出來的。除了1樓朝外的門窗和2樓陽臺的扶手，沒有任何東西是後來添加上去的。房間裡的地板、牆壁、天花板以及傢俱什物等全是在凝灰岩上鑿刻出來的。
中央大廳
從內往外看中央大廳
科學實驗室
從科學實驗室裡看入口
科學實驗室內部
實驗臺
研究臺和架子（科學實驗室）
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