日本統治臺灣後，為推動臺灣的「日本化」，伴隨著以天皇的中央國家祭祀，開始興建神社，並深入地方，推動「一街庄一神社」政策，以加強地方民眾對神道的信仰與皇民化。但隨著戰爭全面爆發，財政物資人員皆短絀，終究淪為口號。

1895年4月17日，中日簽訂馬關條約，決議割讓臺灣和澎湖群島予日本。原本只有在日本受人供奉祭祀的神道眾神，自此隨著人群、物品、資金的移動，越過大海，來到成為日本領地的臺灣。

日本領臺6年後的1901年10月27日，臺灣神社（1944年改稱臺灣神宮）作為臺灣諸多神社的總鎮守（譯註：統轄臺灣各地守護神的總社），舉行落成儀式，祭祀代表開疆闢土精神的神祇——大國魂命、大己貴命及少彥名命，以及平定臺灣之神——北白川宮能久親王。

為祭祀能久親王，首座神社落成

1895年5月31日，能久親王在日本統治臺灣後，率領近衛師團組成的遠征軍，於臺灣北部的澳底登陸，從基隆到臺南，展開一段與土匪之間的激烈征戰。其中最讓近衛師團苦惱的是，至今未從體驗過的臺灣濕熱天氣，以及落後的衛生環境。能久親王自身也在越過臺灣南部的嘉義一帶，染上瘧疾，他強忍著高燒腹瀉，終於抵達了「平定臺灣之戰」的地點臺南，但在10月28日去世。這是日本皇族首度在海外去世，日本國內興起了一股建造神社祭祀能久親王的運動。其後於1900年，日本眾議院決議通過了「建造臺灣特設官方神社建議案」，同時內務省也在告示81號中公告，決定創建臺灣神社，作為海外殖民地的首座官方神社。以能久親王的駕崩之日的10月28日為年度祭典日，1901年10月27日神社落成。