1895年,日本將臺灣納為領土之際,面臨著4個難題:瘧疾、鼠疫、霍亂和阿米巴痢疾等地方性流行傳染病肆虐,拒絕日本統治的盜匪猖獗,再加上原住民族的反抗,以及漢人族群吸食鴉片的惡習。首任總督樺山資紀、次任總督桂太郎與第3任總督乃木希典,終日與抗日武裝勢力周旋對抗,卻仍無法平定。當時,日本政府任命兒玉源太郎擔任第4任總督,而他推舉後藤新平擔任相當於自己左右手的民政長官一職,卻遭到時任首相桂太郎的反對。不過兒玉源太郎堅持己見並未退讓。其理由在於,日本在甲午戰爭獲勝後,從中國大陸撤回超過23萬名的士兵,後藤新平在短時間內便毫無疏失地完成檢疫工作,能力獲得兒玉源太郎的高度讚賞。
由醫師轉任醫官
1857年,後藤新平生於仙台藩水澤(譯註:現在的岩手縣奥州市水澤區)。17歲入醫學校就讀,成績優異,畢業後成為愛知縣醫學校的醫師。一路平步青雲,24歲時擔任校長兼任院長。以醫師身份獲得高度評價的後藤,受到內務省衛生局長長與專齋的賞識,在1883年進入內務省衛生局擔任醫官,其後,獲得以帝國大學講師的身份招聘而來的衛生工程技師威廉・巴爾頓(William Burton)的知遇之恩,1890年前往德國留學。回國後,1892年升任衛生局長。後藤為了改善日本統治下臺灣的衛生環境,委託巴爾頓建設臺灣的上下水道工程。巴爾頓受到他的熱情感召,帶著自己的學生濱野彌四郎(土木學者)渡海來到臺灣。巴爾頓過世後仍留在臺灣,完成臺南上水道,至今眾人仍敬其為「臺南上水道之父」。
