以「蘿蔔與棍子」對付抵抗運動

接著必須著手進行的是，因應盜匪與原住民頑強抵抗的策略。若無警察與士兵護衛守備，容易遭受匪徒襲擊，平常無法一個人單獨在街頭行走。這是因為踏入狩獵場域的人，可能會遭到原住民「獵人頭」。後藤分別使用「蘿蔔與棍子」的手段，以武力鎮壓持續抵抗的頭目，對於歸順的頭目則賞賜獎金與土地，讓他們可以藉著農業安身立命。這個方法獲得一定程度的效果，但居住在花蓮地區的太魯閣族仍持續抵抗到最後，等到佐久間左馬太擔任臺灣總督後才獲解決。

佐久間左馬太（國立國會圖書館）
佐久間左馬太（國立國會圖書館）

另一個課題是吸食鴉片的惡習。臺灣有許多從中國大陸來的鴉片吸食者，因而採取漸次禁止的政策。1897年公布「臺灣鴉片令」（譯註：原文為「台湾阿片令」），登記鴉片患者名單，導入鴉片專賣制度，開放登記完成者與20歲以上民眾的購買與吸食。鴉片完全自外輸入，以3倍的昂貴價格販賣，賺取巨大利潤。此專賣制度對臺灣總督府而言，除了鴉片以外，亦適用於食鹽、樟腦、菸草、酒類、火柴、度量衡儀器、石油，獲得莫大利益，至今仰賴日本國庫挹注的臺灣預算，因此得以臺灣獨自的收入支應，從統治臺灣以來僅花費15年便達到如此成就。

此鴉片專賣制度並未招致巨大混亂，讓吸食鴉片人口從1900年超過17萬名，到了1930年減少至2萬7000名，而二戰結束的1945年，鴉片吸食人數幾乎降到零。從結果看來，鴉片政策可以說相當成功。