世襲制度的開端

就這樣統一了天下的家康於1603年被朝廷封為征夷大將軍，正式在江戶建立了幕府（武家政權）。算上亲藩、谱代、直臣（旗本・御家人）在内，家康总共可以调动超过20万人的兵力，是一个不折不扣的军事政权。

不過，在政治組織上，他以三河時期以來的家政機關為基礎，讓本多正信等重臣（心腹）、南禪寺的金地院崇傳和儒學家林羅山等顧問分擔政務。直到第三代將軍家光的時代，這一套複雜的政治制度才最終固定下來。

1603年，家康命令各方大名出錢出力對江戶城和城邑進行大規模的改擴建（天下普請）。對日比谷入海口區域實施大面積填埋，開闢了小名木川和道三堀等水道。除了這些水運工程外，還開始完善陸上交通。以江戶的日本橋為起點，修建了五條街道，並在沿途設立了驛站。最終，在家康晚年時，江戶發展成了一個擁有十多萬人口的大城市。

1605年，家康把受封才兩年的將軍之位傳給了兒子秀忠。此舉是為了向天下表明德川一族將世襲將軍之位。不過，此後他依然以伏見城和駿府城為據點，繼續把持著政治實權。

豐臣家的滅亡

另一方面，關原之戰後，大阪城的豐臣秀賴雖然降為俸祿不過60萬石（攝津、河內、和泉）的一個大名，但心向豐臣家族的大名依然不在少數。而且1611年，家康時隔多年再次見到秀賴後發現他已經長成一位青年才俊。據說就是此時，家康產生了要剷除秀賴，永保政權的念頭。

當年，豐臣一族重建了與秀吉大有淵源的京都方廣寺，寺內梵鐘的銘文刻有「國家安康，君臣豐樂」幾個字。由於「家」和「康」字被分開，家康故意找茬說「此為詛咒德川一族之辭」，於1614年調集20萬大軍包圍了大阪城。史稱大阪冬之陣的戰役由此拉開序幕，同年12月，雙方一度言和，但在次年，也就是1615年又重燃戰火（大阪夏之陣），最終秀賴自殺身亡，豐臣一族慘遭滅門。

同年，家康發佈一國一城令，要求西國大名毀掉除了居城以外的所有城樓，一舉削弱了他們的軍事力量。此外，還以將軍秀忠之名發佈了嚴格統制大名的武家諸法度，禁止大名擅自聯姻或建造新的城樓。