提倡知性生活方式的禪宗

然後在這一動向之外，還出現了禪宗。禪宗是傳說中的開山祖菩提達摩5世紀到6世紀在中國始創的新型佛教。釋迦牟尼宣說的佛教原本是希望通過冥想修行完成自我變革的宗教，為此他制定了修行所需的功課。誰都能夠平等地修習功課，走向開悟的流程是有明確規定的。然而禪宗卻將這一流程進行了神秘主義處理，認為這一流程「只可意會，不可言傳」，需在實際修行生活中專心冥想，重視冥想狀態本身。禪宗是比起思想和世界觀，更重視知性冥想生活的宗教。

禪宗這種特質受到了中國文人階層的熱捧，在8世紀之後迅速發展起來。這種禪宗於12世紀到13世紀正式傳入日本。如今日本禪宗有臨濟宗、曹洞宗、黃檗宗的三派存在。其中臨濟宗和曹洞宗就是始於這個時期。而黃檗宗則是進入17世紀後由隱元傳入日本的宗派。

禪宗是重視知性冥想生活本身的佛教教派，所以其教義並沒有確切的內容。日本臨濟宗創始人榮西重視密教，曹洞宗開山祖道元則有其獨到見解，認為「我們本來就是佛，是通過冥想來確認此事的」。雖然思想各不相同，卻都以冥想修行為主，禁欲且重視知性生活形式是日本禪宗各派的共通之處。這點受到了當時以武士階級為主的知識階層的歡迎。之後的禪宗又發揮了將最前沿的中國文化引入日本的窗口功能，也與花道、茶道、能樂等日本文化顯示了極強的親和性。這些其實都很好地體現了禪宗將知性的冥想生活當做基石的特性。

如此一來，兩大救濟宗教「淨土系教團」和「法華經信仰教團」、提倡知性的生活方式的禪宗，加上密教這四大類宗派就在日本生根發芽。此時確立的日本佛教的格局由此延綿800年直至今日。