首次參與執政，旋即下臺淪為在野黨

在1993年「55年體制」（指日本政壇自1955年出現的政黨格局長期維持執政黨自民黨與在野黨社會黨的兩黨政治格局，一般認為該體制結束於1993年——譯註）解體引發日本政界大地震之後，公明黨再次發生巨大動盪。在自民黨長期政權終結後上臺的細川護熙內閣，排除了自民黨和共產黨入閣，而公明黨加入內閣首次成為執政黨，獲得郵政省、勞動省、總務廳和環境廳等4個省廳的大臣職位。不過，由於繼任細川內閣的羽田孜內閣64天就倒臺了。其後上臺的村山富市內閣，變成了自民黨、社會黨和先驅新黨三黨聯合的內閣。公明黨再次淪為在野黨。

在這場政界大洗牌風暴中，1994年12月公明黨解散，分裂成了「公明新黨」和「公明」兩個政黨。緊接著，「公明新黨」就併入了由小澤一郎（現生活黨黨代表）統領的新進黨。

在1995年的第17屆參議院選舉中，公明黨勢力作為新進黨的一部分參加選舉，對阻止自民黨單獨過半數做出了貢獻。特別是，新進黨在比例選區躍升為第一大黨，這與創價學會在背後大力開展助選活動是分不開的。

這使得自民黨內對公明黨產生了強烈的戒心，再加上東京地鐵沙林毒氣事件（1995年3月）等的影響，自民黨提出制定政教分離基本法，並要求把池田大作會長傳喚到國會質詢。自民黨和公明黨的兩黨關係，這時可說處於最緊張險惡的時期。