明治以後，與神道的關係加深

到了明治時代，受到神佛分離、廢佛毀釋等運動的影響，「神佛習合」消失，現今已經很難再現。在朝廷設於京都時期，宮中曾經存在過一個被稱作「御黑戶」的佛壇，但隨著神佛分離，這個佛壇被遷移到了天皇家族的家廟京都泉湧寺。

進入明治時代後，天皇與神道，或者說天皇與佛教的關係發生了根本性的變化。起初，明治政府為了確立天皇親政，將神道作為核心思想推進國家建設，導致佛教被徹底清除出了皇室。明治時代，山階宮晃親王曾經出家當過寺院住持，希望死後能舉行佛教式的葬禮，但未能得到明治政府的同意。

相反，明治2年，年僅16歲的明治天皇參拜了伊勢神宮，這是歷史上天皇首次參拜該神宮。儘管歷代天皇此前從未造訪過伊勢神宮的原因是一個巨大的謎團，但之後，天皇與神道的關係得到了進一步的強化。當時，沿途的195座寺院都遭到了毀壞。

明治天皇本人是如何看待這種變化的？我們不得而知。當時他年紀尚輕，也可能對宗教和信仰這些東西並沒有堅定的想法。至少，把佛教信仰逐出皇室的，是那些試圖將神道作為新的日本國家核心思想的國學家和神道家。

明治政府將神道脫離了宗教的範疇。具體來說，就是將最初在內務省內設立的「社寺局」，分割成了「神社局」和「宗教局」，神道受到了不同於佛教和基督教的區別對待。

早在那個時候，大日本帝國憲法就已經制定，信教自由也得到了承認。之所以將神道與其他宗教加以區別，目的在於通過將其置於宗教範疇之外，使之上升為國民道德，把神道禮法強加於全體國民。

天皇扮演著在宮中三殿祭祀皇祖神、皇靈、天神地祇（所有神明）的主祭神官角色。國民祭拜神明，同時也崇拜作為主祭的天皇。這種體制是在明治時代確立的。