受法人化的影響，研究經費減少
以日本的國立大學法人化為契機，文部科學省對國立大學的撥款「運營補助費」每年遞減1%。這就直接牽涉到了研究經費的減少，並且因裁減事務人員而對教師造成了事務性工作負擔的增加，另外有人指出，它還影響了科研論文的「產量」。
東京大學、京都大學等研究經費豐厚的頂尖大學只有極小一部分，其他大多數國立大學都不得不把很大的精力用在如何獲得來自企業等外界的經費上。在這種情況下，為滿足產業界注重實用的要求，大學方面的研究往往會集中在容易出成果的項目上。
在世界大學排名榜上名次後退
英國的高等教育雜誌《泰晤士報高等教育》（Times Higher Education)10月公布了2015年世界大學排名榜，位居日本大學之首的東京大學排名下降，從上一年的亞洲大學第1名跌落到第3名，屈居新加坡國立大學和北京大學之後。
《泰晤士報高等教育》的排名榜，是根據論文引用數量、外籍教師人數等13個指標評定的。文部科學省認為，2015年的評價標準比較重視英語論文，因而不利於日本的大學，造成了排名的後退。
世界大學排行榜（《泰晤士報高等教育》版）
| 2014年 | 2015年 | ||
|---|---|---|---|
| 1 | 加州理工學院（美） | 1 | 加州理工學院（美） |
| 2 | 哈佛大學(美) | 2 | 牛津大學(英) |
| 3 | 牛津大學(英) | 3 | 史丹佛大學(美) |
| 4 | 史丹佛大學(美) | 4 | 劍橋大學(英) |
| 5 | 劍橋大學(英) | 5 | 麻省理工學院(美) |
| 6 | 麻省理工學院(美) | 6 | 哈佛大學(美) |
| 7 | 普林斯頓大學(美) | 7 | 普林斯頓大學(美) |
| 8 | 柏克萊加州大學（美） | 8 | 倫敦帝國學院(英) |
| 9 | 倫敦帝國學院（英） | 9 | 蘇黎世聯邦理工學院（瑞士） |
| 10 | 耶魯大學(美) | 10 | 芝加哥大學（美） |
進入前100名的亞洲大學
| 2014年 | 2015年 | ||
|---|---|---|---|
| 23 | 東京大學 | 26 | 新加坡國立大學(新加坡) |
| 25 | 新加坡國立大學(新加坡) | 42 | 北京大學（中國） |
| 43 | 香港大學（香港） | 43 | 東京大學 |
| 48 | 北京大學（中國） | 44 | 香港大學（香港） |
| 49 | 清華大學（中國） | 47 | 清華大學（中國） |
| 50 | 首爾大學（韓國） | 55 | 南洋理工大學(新加坡) |
| 51 | 香港科技大學（香港） | 59 | 香港科技大學（香港） |
| 52 | 韓國科學技術院(韓國） | 85 | 首爾大學(韓國） |
| 59 | 京都大學 | 88 | 京都大學 |
| 61 | 南洋理工大學(新加坡) | ||
| 66 | 浦項工科大學(韓國） | ||
撰文：編輯部 村上直久
標題圖片：安倍晉三首相與前來拜訪的兩位2015年度諾貝爾獎得主梶田隆章、大村智交談。2015年10月29日於東京首相官邸（圖片提供：時事通信社）
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