1994年的选举制度改革促成了“自公联合政府”

但是，自民党和公明党意外地很快就达成了和解。其原因是，新进党因为围绕党代表小泽一郎的政党运营问题陷入了混乱，于1997年12月分裂了。1998年11月，从新进党分裂出来的公明党势力与业已分裂的“公明”和“新党和平”等小党合并，再次结成了“公明党”。

1999年10月，公明党加入与自民党及小泽一郎统领的自由党的联合。在小渊惠三第二次改造内阁时期，形成了所谓的“自自公联合内阁”。公明党回归了保守路线。在那之后，历经执政党和在野党时代，“自公合作”走过了15年。

前排左起分别为正在交换“自自公”三党合作协议书的自由党党首小泽一郎、首相小渊惠三、公明党代表神崎武法。后排左起分别为自由党干事长藤井裕久、自民党干事长森喜朗、公明党代理代表滨四津敏子和公明党干事长冬柴铁三。1999年10月4日摄于东京首相官邸（時事通讯社）

而“自公联合内阁”，则是在第二次小泉内阁时代（2003年11月19日至2004年9月27日）的2003年11月实现的。因为在那之前，原先一起执政的保守新党解散了，形成了名副其实的“自公联合政府”。

这一系列的连横合纵，是因为受到了细川护熙内阁时代的1994年引进小选区和比例代表并列制的巨大影响。该选举制度的改革是意图推动两大政党制的实现。而这对于拥有创价学会这一强力团体选票的公明党来说，即使在全国选区很多候选人当选，但如果在选举区不和自民党等有实力的大政党合作，那也很难维持一定的势力。

与自民党进行合作的背景还包括：20世纪70年代围绕日中邦交正常化，公明党就曾与自民党旧田中派有过合作；公明党在地方上与日本共产党等革新势力经常形成争夺选票的状况，而相反地，公明党和自民党容易在各自强势的地方上和大城市分割竞选地盘等等。