以敬天愛人的誠心推動地方建設

在菊次郎就任宜蘭廳長9個月後，第4任總督兒玉源太郎於1898（明治31）年上任，拔擢後藤新平為民政長官，一同前往臺灣。兒玉源太郎對後藤新平寄予厚望，後藤也不負所望地戮力規劃臺灣近代化的藍圖，並且付諸實踐。後藤新平曾在德國習醫，他從生物學的角度來看，認為難以將日本國內的法律制度，直接移植到文化、風俗、習慣皆迥異的臺灣。他採用的統治方針，是先針對臺灣的社會風俗民情，進行廣泛調查，以此為基礎來構思政策，摸索逐漸同化的方法。

菊次郎就任後日夜苦思如何才能夠化解強硬的島民情感，非常能理解後藤新平的統治方針，加上他深信父親西鄉隆盛常掛在嘴上的「敬天愛人」——無私欲的仁愛之心才能打破僵局——的思想，在許多日本人都對原住民和臺灣人抱有歧視心態的社會狀況之中，菊次郎顯得相當不同。幼年時期的艱辛經歷，以及在西南戰爭中，親眼目睹了許多年輕優秀人才的犧牲，自己也身負重傷，留下殘廢之軀，菊次郎自然地對弱者抱有憐憫之心與誠實的態度。因此，他得出一個結論，認為只有花時間努力讓台灣島民明白自己的誠心，才是唯一的方法，並以服務民眾的治理行政為目標，才能讓當地民眾敞開心胸，協助政策推展。

因此，菊次郎為了宜蘭民眾的福祉，開始傾注心力於社會基礎建設的整備，實施河川整治工程、擴大耕種農地面積、修築道路、發展樟腦產業、增加農業收穫等等政策，同時也大力推動教育普及，因此治安逐漸改善，成功安定了當地民眾的生活。

施工時的「西鄉堤防」（提供：古川勝三）

其中花費最多心力的是整治宜蘭川的洪水肆虐，這是宜蘭人長年以來的願望。經過菊次郎不屈不撓地與臺灣總督府交涉之後，成功獲得高額的補助款項，第1期工程於1900（明治33）年4月開工，歷經1年5個月的工期，耗費鉅資興建13.7公里的宜蘭川堤防，於隔年9月順利竣工。起初當地民眾對於堤防的功效尚且半信半疑，但從此洪水不再肆虐宜蘭平原，洗刷了宜蘭川的惡水之名。切身體會到堤防功效的民眾喜出望外，對菊次郎的讚聲不絕於耳。菊次郎為了當地民眾施行此善政，確認第1期工程完成後，認為第2期工程也將如期完成，因此自請離職，為長達5年半的宜蘭廳長任期，劃上休止符。1902（明治35）年，菊次郎離開臺灣。