明治政府的建立
新政府軍以5萬大軍包圍了江戶，舊幕臣勝海舟和新政府軍的西鄉隆盛舉行會談，決定無條件歸還江戶城，於是新政府軍停止總攻，慶喜也保住了一命。另一方面，東北諸藩為了救助成為朝敵的會津藩，締結奧羽越列藩同盟，明確表現出對新政府的敵對姿態，新政府軍和同盟軍在各地戰火四起。
在此期間，新政府頒布了《五條御誓文》，明確了「開國和親，尊重公議世論」的方針，制定了政體書，並參考美國憲法建立三權分立的新政府政治組織結構。此外，天皇搬入江戶城，以此地為皇居，江戶改名為東京，年號改為明治。
刊登在《太政官日誌》慶應4年（1868年）第2卷上的《五條御誓文》。《太政官日誌》是明治政府發行的新聞類刊物，旨在廣泛宣傳政府的政策（國立國會圖書館）舊幕府軍最後的抵抗
1869年5月，以蝦夷地（1869年，改名為北海道——譯注）箱館五稜郭為據點的榎本武揚等人率領舊幕府軍向新政府投降（戊辰戰爭結束）。自此，新政府統一了日本全國。同年，新政府命令大名歸還各藩的土地和人民（版籍奉還）。但是，這不過是走過場而已，藩主改名為知藩事，繼續掌控領地內的政局。
在戊辰戰爭中作戰的是各大名的家臣「藩士」，他們中的許多人返回故鄉，新政府幾乎喪失了軍事力量。各藩預測將會發生第二次戊辰戰爭，因此開始了大刀闊斧的軍事改革。紀州藩等地創立了徵兵制度，模仿普魯士組建了2萬人的近代軍隊。
函館大戰圖（市立函館博物館）明治新政府的政治變革：「廢藩置縣」
長州的木戶孝允和薩摩的大久保利通擔心政府會就此瓦解，因此決定武裝起義，廢除所有的藩。他們從薩摩、長州、土佐等地調集了8千兵力（御親兵）到東京。1871年7月，在軍隊的鎮守下，政府宣佈「廢藩置縣，罷免知藩事，派遣縣令（或府知事）作為縣的管理者」。還將知藩事召集到東京，命令他們居住在當地。
因為這是一場革命性變革，木戶和大久保等人預測會遭遇到巨大阻力，沒想到竟沒有發生暴亂，廢藩置縣順利完成。主要原因似乎在於，他們表明新政府將承擔藩士的薪餉和各藩的欠款。無論怎樣，「藩」已從國土上消失，新政府成功實現了國內的政治統一。此後，新政府在短期內果斷開展了如火如荼的社會變革，其目的在於儘早實現現代化，達成富國強兵的目的，以防日本淪為列強的殖民地。
廢藩置縣的推動者：木戶孝允（左）和大久保利通（國立國會圖書館）
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