24小時不間斷運作

就氣象廳的組織結構來說，總廳設有總務、預報、觀測、地震火山、地球環境與海洋等5個內部部門，共有預報科、地震海嘯監控科、環境氣象管理官等共計21個科和管理官。還有氣象研究所、氣象大學校、氣象衛星中心等附屬機構，作為地方組織，採用了設立「札幌管區氣象臺」等管區劃分制度。

在各個管區之下，每個府縣都設有「地方氣象臺」。每個地方氣象臺約有30名員工，以輪班方式24小時不間斷地開展每天的天氣預報和氣象預警等工作。同時還開展著關於氣溫、氣壓和風等情況的地面氣象觀測活動。

茨城縣水戶地方氣象臺的觀測場地（攝影：古川武彥）

成田和羽田等各個機場還另設了「航空地方氣象臺」和「航空測候所」，以期保障飛機飛行的安全。

氣象廳員工約5,200人，年度預算約600億日圓，其中，機器配置和維修費等物件費用占了約40%。