西鄉隆盛認識到了封建領主體制的局限性
最大的難題，是統領薩摩藩士族的西鄉隆盛是否同意廢藩。
最終決定由山縣有朋出面去勸說西鄉隆盛。山縣有朋一提出廢藩，西鄉隆盛就回答說「那很好啊」，並問道「木戶孝允是何意見」。
山縣有朋沒想到西鄉隆盛那麼輕易就同意了，追問道「請先說說您的意見」。西鄉隆盛再次表示「那很好」。
山縣有朋有些吃驚，繼續問道，「廢藩可能會引發流血騷動，您有這個心理準備嗎」？但西鄉隆盛仍然只是回答說，「我這邊是沒有問題」。總之，在那一瞬間山縣有朋認識到，「廢藩之事，成了」。
可為什麼西鄉隆盛會同意讓薩摩藩消亡呢？
研究日本近代史的歷史學家松尾正人在《廢藩置縣》（中公新書）一書中分析道，「這是因為西鄉隆盛本人認識到了封建領主體制的局限性。單憑鹿兒島藩（薩摩藩）的力量,不管實施什麼樣的改革,要蓄養人數龐大的士兵，總會有局限。將追隨西鄉隆盛的鹿兒島藩兵，變成政府親兵置於政府直接管轄之下,就可以將負擔轉嫁到新政府身上。而為了維護這種變化，已經避免不了對封建領主制度本身進行大膽改革」。
木戶孝允得知西鄉隆盛同意廢藩後，在7月7日的日記中寫道，「聽到西鄉隆盛欣然同意的答覆，我為國家感到可喜可賀，我也期望國家前途由此更進一步」（出自《木戶孝允日記》）。
7月8日，西鄉隆盛與木戶孝允直接會面，「議定（有關廢藩置縣這一）重大改革的數條事項」（出自《木戶孝允日記》）。西鄉隆盛在山縣有朋就廢藩之事來商議的7月6日那天，已經到大久保利通府上拜訪，取得了大久保利通的同意。
明治天皇頒下詔令
7月9日，「維新三傑」大久保利通、木戶孝允、西鄉隆盛，加上薩摩藩的大山岩、西鄉從道和長州藩的井上馨、山縣有朋等人，進行了深入細緻的磋商。正如木戶孝允在7月10日的日記中所寫道，「這次事件（廢藩）實屬絕密」，廢藩計畫是在極其隱秘的形態下推進的。
甚至明治新政府的實權人物三條實美和岩倉具視，也居然是在宣佈實施廢藩置縣的前兩天，即7月12日才被告知相關計畫。
木戶孝允在日記中寫道，「有人說事先不要告知岩卿（岩倉）。然而，岩卿自維新以來，一直身涉重大事項」（出自《木戶孝允日記》），於是決定事先向其告知廢藩政變之事。同一天，木戶孝允也把廢藩計畫告知了三條實美。
兩人雖很驚慌，但也只能表示同意。就這樣，7月14日早上，薩摩、長州、土佐、肥前四藩的知藩事及其代表被傳召入宮，以明治天皇敕語的形式向他們宣告了廢藩決定。接著，向鳥取藩、尾張藩、熊本藩、德島藩的縣知事傳達了同樣的敕語。如前所述，這四藩已經向政府申請了廢藩。下午兩點，身在東京的56名知藩事被傳召入宮，接受天皇頒下廢藩置縣的詔令。從這一刻起，藩國從日本大地消失，持續了約七百年的武家政權也終結了。
知藩事被免去官職，受命在東京集中居住，中央政府另派官員（縣令）前往新設置的縣進行管治。
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