博物學和故事中的人魚形象
進入江戶時代後，中國研究草藥的「草本學」和通過荷蘭傳入日本的西方科技文化「蘭學」相融合，於是有人從博物學的角度對人魚進行介紹。
《和漢三才圖會》中的人魚（國立國會圖書館數字館藏）貝原益軒的《大和本草》一書（1709年）提到了中國明代的《本草綱目》，書中記錄了人魚骨有「可止便血」等醫學功效。此外，日本首部圖說百科全書《和漢三才圖會》（1713年）將其與鯛魚、鯡魚等48種魚一起進行分類，還解釋稱，荷蘭人將人魚骨用作解毒藥。同時還描繪了現在司空見慣的人魚形象——上半身是女性，下半身是魚。
大槻玄澤在《六物新志》（1786年）中引用了中國和日本的文獻，以及法國著名外科醫生安布魯瓦茲・帕雷的《外科學教程》、波蘭籍博物學者約翰納斯・鐘斯頓所著《動物圖譜》等西方文獻，對人魚的外貌和藥效進行了驗證。他以這些東西方資料為依據，論述了「人魚是真實存在的」。
江戶後期的國學家平田篤胤似乎也相信人魚的存在和藥效，他在1842年的書簡中寫到自己得到「人魚骨」後，與好友幾人同擇吉日，削骨泡水飲用，共求長生不老。
《六物新志》中引用的鐘斯頓（左）和帕雷的人魚（國立國會圖書館數字館藏）另一方面，作家和畫師都描繪過人魚美女。井原西鶴的小說《武道傳來記》（1687年）中有一篇名為《奪命人魚海》，寫到1247年津輕海上出現了人魚。跟《吾妻鏡》中貌似人魚的魚是同一年出現的，容貌似乎是美女，頭上長有雞冠。身上散發芳香，聲音類似雲雀啼鳴。當時還沒有如此詳細記述人魚形象的文獻，或許只是西鶴想像力的產物。
江戶後期的浮世繪師歌川廣重（第二代）和歌川豐國（第三代）的《觀音靈驗記》中就有上半身穿著衣服、浮在空中的美女。畫的是聖德太子為弘揚佛法而來到近江國，遇見了一個自稱前世是人類的人魚向他求助，請求幫她成佛的故事。琵琶湖周邊地區至今還流傳著和《日本書紀》中近江國人魚現身有關的傳說。
《觀音靈驗記 西國巡禮三十二番 近江觀音寺》（國立國會圖書館數字館藏）
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