干預人事是菅的特點

在這段時期，菅的特長在於關注人事安排。在麻生內閣（2008－09年）推行國家公務員制度改革正酣之時，從實質上廢除人事院的構想遭到了當時的人事院總裁谷公士的公開反對。據說，在改革行動舉步維艱，陷入僵局的情況下，菅義偉曾為掩護公務員制度改革擔當大臣而在演講時高喊「必須讓這樣的總裁下臺」。對公務員制度改革的關注和對免除機構首長職務的強烈贊同，恰恰成為了他日後開展工作的基礎。

即使觀察之後的動作，也難言菅成為了某個特定政策領域的專家。打開菅的主頁，「政策」條目下列舉的是自民黨的政策，談不上作為政治家的菅義偉在政策上的出發點。旨在引發變化的制度改革和人事干預才是菅的特點。

因此，出任第二次安倍內閣官房長官後，他首先著手解決人事問題。迫使日本銀行行長白川方明辭職，提拔曾是財務省國際金融專家並擔任過亞洲開發銀行行長的黑田東彥出任行長。另外，在民主黨政權時期擔任郵政公社社長的齊藤次郎選定同為大藏省出身的坂篤郎接任社長職務後，菅表示強烈反對，並最終換掉了坂篤郎。他還抵制過去由副職接任內閣法制局長​​官的慣例，起用了時任駐法大使的已故小松一郎，為修改關於集體自衛權的憲法解釋鋪墊了道路。

內閣人事局給各省造成的無聲壓力

第一次安倍內閣在人事安排上非常失敗。一個重要原因在於，為了強行貫徹官邸的意志而配置了並不稱職的人才。與之相比，菅官房長官主導的人事安排中，雖然有一些不拘傳統慣例的提拔之舉，但選用之人絕沒有不稱職之說，在某些方面甚至是非常稱職的。

儘管前法制局長官小松曾與組織作對，但據報道稱，對修改憲法解釋持靈活態度的小松與強烈反對修改憲法解釋的法制局官僚們探討了修改解釋的最大底限。通過這些努力，政權追求的變化方向與各組織慣例之間的矛盾得到了調和。

上述情況也出現在國家公務員制度改革中。2014年4月，國家公務員制度改革相關法在國會通過後，內閣人事局得以設立。儘管之前的公務員制度改革方案帶有強制剝奪人事院權限的傾向，但最終方案在很大程度上考慮了人事院的意見。比起與人事院的對決，菅更關心如何形成可以讓官邸從正面介入各省領導人事安排的態勢。早在2013年夏季，提拔村木厚子出任厚生勞動省事務次官等內閣干預各省領導人事安排的舉動就引起了轟動，而與之相比，2014年夏季安倍首相前秘書官田中一穗由主稅局長調任財務省主計局長一事雖引起轟動，但仍是大致符合各省人事思路的安排。或許菅最初的想法就是看準時機介入各省人事安排，避免強硬干涉。