首相和閣僚以公職身分參拜，與政教分離原則相抵觸

關於首相和閣僚的參拜情況，在靖國神社成為宗教法人之後，1951年10月18日，時任首相吉田茂和內閣閣僚、眾參兩院議長在秋季例行大祭中，以公職身分參拜了靖國神社。這是戰後最早一次以公職身分進行的參拜。

但政府在那之後，於1955年發表了一個統一見解，明確了立場：「政府認為，內閣總理大臣和其他國務大臣以國務大臣的身分參拜靖國神社，比照憲法第20條第3項（政教分離原則），是有問題的。」

關於以公職身分參拜是否符合憲法這個問題，政府採取了這樣的立場：「雖然沒有進行是否違憲的判定，但不可否認這樣的參拜是有違憲嫌疑的。」政府還聲稱，「（由於事關重大）我們一直都採取了慎重的立場，一貫的方針是嚴格控制以國務大臣的身分參拜靖國神社」。

不過，在那之後的歷屆自民黨內閣，首相和閣僚們以公職或私人身分參拜靖國神社的行為仍在繼續。

最大的問題是合祀「甲級戰犯」

東京審判中的前首相東條英機（圖片提供：Aflo）

問題在於合祀「甲級戰犯」。所謂「甲級戰犯」，是指在戰後的遠東國際軍事法庭（東京審判）上，根據《波茨坦宣言》第6條所定義的戰爭罪（危害和平罪）被判定為有罪的人。

1978年10月17日，靖國神社將前首相東條英機（陸軍大將）、前首相廣田弘毅（外交官）、前首相平沼騏一郎（樞密院議長）等被判處死刑或無期徒刑而死於獄中的14名甲級戰犯，以為國犧牲的「昭和殉難者」名義納入了合祀之內。其中包括了廣田弘毅等非軍人身分的平民，這是作為特例辦理的。

甲級戰犯被合祀的過程稍微有些複雜。戰後，有200多萬陣亡者沒被合祀入靖國神社，遺屬方面提出希望合祀的要求。但已成為宗教法人的靖國神社不能單獨決定是否合祀，在1956年厚生省援護局向全國發布通知後，靖國神社便開始接受符合《遺屬援護法》或《軍人恩給法》的陣亡者。

1978年合祀甲級戰犯，當時未對外公布

戰犯的合祀，是從1959年乙級和丙級戰犯開始的。14名甲級戰犯的合祀，在20世紀70年代初，得到了靖國神社崇敬者總代會的同意。但考慮到國民感情因素，最終到1978年才實現合祀。當時並沒有公布，直到第2年通過媒體報道才為公眾所知。

但即便是在甲級戰犯合祀之後，自民黨歷任內閣首相還在參拜靖國神社。福田赳夫（1次）、大平正芳（3次）、鈴木善幸（9次）、中曾根康弘（10次）、橋本龍太郎（1次）、小泉純一郎（6次）、安倍晉三（1次）等7位首相，都是在首相任期內去參拜的。福田赳夫首相是在合祀第2天去的，據稱當時他還沒被告知已經合祀這一事實。而宮澤喜一首相則沒有明確表示自己是否去參拜了。

昭和天皇參拜靖國神社（日語中稱「親拜」），戰後一共有8次（1945年、1952年、1954年、1957年、1959年、1965年、1969年、1975年）。但1975年11月21日昭和天皇最後一次「親拜」之後就停止了。關於停止參拜的理由，有看法認為，昭和天皇對甲級戰犯合祀一事感到不滿。

中曾根內閣探索以公職身分參拜的途徑

中曾根首相在1985年4月22日也參拜了靖國神社。一直到那時為止，幾乎沒有來自國外的抗議和擔憂。但是，針對8月15日中曾根首相可能參拜靖國神社，《朝日新聞》在8月7日策劃刊載了以「靖國問題」為主題的特輯，中國政府也在8月14日首次正式表明對首相參拜靖國神社的憂慮。 1985年是日俄戰爭80週年，也是二戰結束40週年的節點。

即便如此，中曾根首相還是在戰爭結束紀念日的8月15日，與17名閣僚一道參拜了靖國神社，不過沒有採用「二拜二拍手一拜」的神道儀式，而是在正殿鞠了一躬，以公費支出了獻花費用。標榜要實現「戰後政治總清算」的中曾根首相的目的，是希望探索一種與憲法不相抵觸的「官方參拜」途徑。時任官房長官藤波孝生1984年成立了私人諮詢機構「閣僚參拜靖國神社問題懇談會」（簡稱「靖國懇」）。靖國懇在1985年8月9日編輯並發表了一份報告，稱以公職身分參拜靖國神社是可行的。

藤波官房長官在8月14日發表談話稱，「中曾根首相將以首相身分參拜靖國神社。我們非常注意與憲法的政教分離原則的關係，將通過參拜方式等來明確以公職身分參拜是不具有宗教意味的。只要採取這次這種（不行拍手禮，以公費支出獻花費用而不是神道中的『玉串料』等）方式，我們認為首相的參拜就不屬於憲法所禁止的宗教活動。」