首次参与执政，旋即下台沦为在野党

在1993年“55年体制”（指日本政坛自1955年出现的政党格局长期维持执政党自民党与在野党社会党的两党政治格局，一般认为该体制结束于1993年——译注）解体引发日本政界大地震之后，公明党再次发生巨大动荡。在自民党长期政权终结后上台的细川护熙内阁，排除了自民党和共产党入阁，而公明党加入内阁首次成为执政党，获得邮政省、劳动省、总务厅和环境厅等4个省厅的大臣职位。不过，由于继任细川内阁的羽田孜内阁64天就倒台了。其后上台的村山富市内阁，变成了自民党、社会党和先驱新党三党联合的内阁。公明党再次沦为在野党。

在这场政界大洗牌风暴中，1994年12月公明党解散，分裂成了“公明新党”和“公明”两个政党。紧接着，“公明新党”就并入了由小泽一郎（现生活党党代表）统领的新进党。

在1995年的第十七届参议院选举中，公明党势力作为新进党的一部分参加选举，对阻止自民党单独过半数做出了贡献。特别是，新进党在比例选区跃升为第一大党，这与创价学会在背后大力开展助选活动是分不开的。

这使得自民党内对公明党产生了强烈的戒心，再加上东京地铁沙林毒气事件（1995年3月）等的影响，自民党提出制定政教分离基本法，并要求把池田大作会长传唤到国会质询。自民党和公明党的两党关系，这时可说处于最紧张险恶的时期。