研究經費以外的壁障

各研究領域的研究方法都在快速發展，這在生命科學領域尤為突出。比如，現在需要利用「新一代測序儀」（DNA序列超速讀取裝置）進行全方位解析、使用高端光學儀器進行分析等。這些研究所需的研究經費大幅提升。日本許多研究室正被排除在這些高端研究之外。

然而，為了挽救陷入危機的日本科學界，增加研究經費是必要條件，但絕不是充分條件。如果不對大學制度和大學教員意識進行大規模改革，那麼日本的科研很難重拾升勢。

文科省設立數個項目以催促大學進行各制度改革。大學方面雖然申報了這些項目並獲得資金，但說句不好聽的話，已出現大學「吃白食」的現象。以上述終身教職評定為例，根本性的制度改革還存在巨大的障礙。

大學組織存在著一些根深蒂固的問題，比如縱向的教學系統，教育、研究、事務的分配不合理等僵化的運營體系等。其中，還包括了社會整體人員流動和勞動生產力低下等凸顯出來的日本國民性的複雜因素。長此以往，大學將逐漸失去研究功能，形勢十分嚴峻。這是否是杞人憂天，估計不出十年便能見分曉。