以前並非珍稀鳥類

將軍吉宗命令編撰的全國博物志《諸國產物帳》（參照雁類章節）中，記載了日本全國各地匯報的朱鷺的棲息情況。其中包括北海道、東北、關東、東海道部分地區、信越、北陸、近畿地區北部、中國地區的對馬等地。

1823年，德國人西博德以荷蘭東印度公司商館專任醫師的身份來到日本。他對博物學也非常好奇，潛心研究日本的動植物，收集了數量龐大的標本運往荷蘭。

西博德與荷蘭商館長同行前往江戶參府，在從長崎到江戶途中的琵琶湖畔購買了兩隻製作精美的朱鷺剝製標本，並留下了記載：「這一帶的農田裡經常能看到朱鷺的身影。」

依據西博德運到荷蘭的標本，萊頓自然史博物館首任館長特明克（Coenraad Jacob Temminck）等人為朱鷺確定了學名，並於1871年將朱鷺的學名最終定為「Nipponia nippon」。1922年，日本鳥學會採用了這一學名，朱鷺名副其實地成為代表日本的鳥類。

瀕臨滅絕

明治維新後，食肉的習慣在日本擴散，隨著人口的急劇成長，土地開發速度加快，朱鷺的棲息地遭受破壞。為支持政府發展生產的政策，用於出口的羽毛（羽絨）的需求量驟增，朱鷺開始遭到濫捕濫殺。在國內，用朱鷺的羽毛製作的羽絨因其柔軟舒適而深受好評，生產供不應求。

朱鷺的羽毛還被用於養蠶場、茶室，製作用於拂去佛龕灰塵的羽毛撣，還出口歐洲，用於製作流行的婦女帽飾。朱鷺的肉據說經烹煮後湯汁變紅，令人作嘔，味道也不鮮美，但對治療女性怕冷和貧血有療效，因此具有藥用價值。