票價

主要區間的票價（非繁忙期）

普通車廂（指定座席） 商務車廂(Green Car) 特等車廂（Gran Class） 特等車廂（專人服務）
東京～新函館北斗 22690 30060 38280
仙臺～新函館北斗 17310 23650 27770 31870
盛岡～新函館北斗 12880 17170 21290 25390
新青森～新函館北斗 7260 9490 12580 14630

單位：日圓

使用日本鐵路通票（Japan Railway Pass）

持有日本鐵路通票的乘客，乘坐北海道新幹線所有車次，都無需另補差價。持有商務車廂通票和普通車廂通票的乘客，可持票入座相應車廂。但特等車廂還需另補乘車區段的特急（特快）票價和特等車廂差價（例如東京～新函館北斗，還需補交26,720日圓）。

隨著北海道新幹線的通車，連接本州與北海道的「在來線」客車全線停運，因此如果想利用鐵路交通往來於津輕海峽兩岸，就必須乘坐新幹線。此外，北海道地區與新幹線並行的部分「在來線」（木古內～五棱郭區間），將從JR獨立出去而成為其他公司運營的線路。該區段不能使用日本鐵路通票，需另購車票。